* CGI: Večina 3D okolij, likov in posebnih učinkov je bila ustvarjena s kombinacijo programske opreme. Med najbolj vidnimi so:
* Maja: Maya, ki velja za industrijski standard za 3D-animacijo in modeliranje, je verjetno igrala pomembno vlogo pri ustvarjanju zapletenih okolij in likov v filmu.
* Softimage: Druga zmogljiva programska oprema za 3D animacijo, Softimage, je bila uporabljena zaradi svojih robustnih orodij za animacijo likov in zmožnosti nameščanja.
* ZBrush: ZBrush, znan po svojih zmožnostih digitalnega kiparjenja, je bil verjetno uporabljen za kiparjenje in detajliranje modelov likov v visoki ločljivosti.
* Tradicionalna animacija: Film je vključeval tudi elemente tradicionalne animacije, zlasti za sekvence, kjer je bil zaželen bolj ekspresiven in ročno narisan slog. To je verjetno vključevalo programsko opremo, kot je:
* Toon Boom Harmony: Priljubljena programska oprema za 2D animacijo, ki omogoča mešanico tradicionalnih in digitalnih tehnik animacije.
Pomembno je upoštevati naslednje: Specifična programska oprema, uporabljena za "Alice in Wonderland", ni izrecno podrobno opisana v produkcijskih virih. Te informacije na splošno veljajo za lastnino studia in filmskih ustvarjalcev.
Glede na priljubljenost in zmogljivosti programske opreme v industriji VFX pa je razumna domneva, da so omenjena orodja igrala pomembno vlogo pri oživljanju fantastičnega sveta filma.