Ko se uporabi Wonder Card, se odpre poseben meni, kjer lahko igralci izberejo dogodek ali skrivnostno darilo, do katerega želijo dostopati. Dogodki lahko vključujejo posebne razdelitve Pokémonov ali izzive, medtem ko lahko skrivnostna darila vključujejo predmete, Pokémone ali druge nagrade.
Za uporabo kartice Wonder Card morajo igralci zagotoviti, da je njihov Nintendo DS povezan z internetom ali da ima vzpostavljeno lokalno brezžično povezavo. Ko so povezani, lahko iz svojega inventarja izberejo kartico Wonder Card in jo aktivirajo za dostop do povezanega dogodka ali skrivnostnega darila.
Treba je omeniti, da so bile Wonder Cards na voljo samo v določenem časovnem obdobju in za določene dogodke ali razdelitve. Nekatere kartice Wonder Card so morda potekle ali morda niso več na voljo, zato je vedno dobro preveriti podrobnosti dogodka in razpoložljivost, preden poskusite uporabiti določeno kartico Wonder Card.