Vendar je pomembno razumeti, da imajo tudi najbolj briljantni umetniki svoje omejitve in izzive. Nekateri vidiki, ki bi jih lahko šteli za "napake" ali slabosti v Rafaelovem delu, čeprav o njih pogosto razpravljajo umetnostni zgodovinarji, vključujejo:
* Omejen poudarek na čustvih in realizmu: V primerjavi z Michelangelom Rafaelove figure pogosto nimajo čustvene globine in psihološke kompleksnosti, ki sta značilni za delo firenškega mojstra. Nekateri kritiki menijo, da je Raphael dajal prednost idealizirani lepoti in harmoniji pred čustvenim realizmom.
* Zanašanje na pomočnike: Raphaelov studio je bil znan po veliki ekipi pomočnikov in nekateri kritiki trdijo, da je to vodilo do nedoslednosti v njegovem delu, zlasti v kasnejših letih. Čeprav sta bila Rafaelov nadzor in vodenje očitna, se razpravlja o tem, ali je bila celotna umetniška vizija vedno njegova lastna.
* Polemika o "preobrazbi": Raphaelovo zadnjo sliko, "Preobrazba", je posthumno dokončal njegov studio. Medtem ko se kompozicija in koncept pripisujeta Raphaelu, se domneva, da je usmrtitev vključevala več rok. To je privedlo do razprave o tem, v kolikšni meri končno delo odraža Rafaelove prave namere.
Pomembno si je zapomniti, da ti vidiki niso neuspehi v smislu umetniške nesposobnosti. Prej so to omejitve ali področja, kjer se je Rafaelov umetniški pristop razlikoval od pristopa njegovih sodobnikov ali kjer so izzivi njegovega časa vplivali na njegovo delo.
Bolj plodno je ceniti Rafaelova zmagoslavja, njegovo neverjetno sposobnost, da ujame lepoto, milino in harmonijo v svojem delu, in njegov trajni vpliv na umetnostno zgodovino. Njegova zapuščina je izredna spretnost, umetniški sijaj in trajen vpliv.