Ena najbolj očitnih značilnosti predstave, ki postavlja vprašanja o verski strpnosti, je portret Shylocka, judovskega denarničarja. Shylock je prikazan kot okruten in pohlepen človek, ki je obseden z denarjem in se želi maščevati Antoniu, krščanskemu trgovcu, ki mu je storil krivico. Pooseblja številne negativne stereotipe, ki so o Judih prevladovali v Shakespearovem času, njegov lik pa so pogosto razlagali kot antisemitskega.
Po drugi strani pa so v predstavi trenutki, ki spodbijajo te stereotipe in problematizirajo idejo verskih predsodkov. Sam Antonio se na primer spopada s svojimi predsodki do Judov, njegovo ravnanje s Shylockom pa kaže mešanico prezira in sočutja. Portia, junakinja igre, zagovarja pomen usmiljenja in odpuščanja in na koncu prepriča Shylocka, da se usmili Antonia. Ta prizor so številni kritiki razumeli kot poziv k strpnosti in razumevanju.
Drugi pogled na stališče predstave do verske strpnosti je, da preprosto odseva družbeno in kulturno realnost Shakespearovega časa. Antisemitizem je bil globoko zasidran v krščanski družbi Evrope in Shakespeare bi težko predstavil bolj strpen pogled, ne da bi tvegal cenzuro ali odtujil svoje občinstvo. Tako bi igro lahko razumeli kot produkt svojega časa in ne kot odraz Shakespearovih lastnih prepričanj.
Na splošno je Beneški trgovec kompleksna in niansirana igra, ki ponuja več pogledov na versko strpnost in predsodke. Čeprav vsebuje nekaj antisemitskih elementov, predstavlja tudi trenutke sočutja in razumevanja, ki otežujejo naše branje sporočila predstave. Konec koncev predstava vabi občinstvo, da razmisli o zapletenosti verskih razlik in kritično preuči lastne predsodke.