Raziskovalne metode uporablja tako etnografijo kot glasbeno transkripcijo in analizo ter vključuje terensko delo in intervjuje z informatorji. Nekateri etnomuzikologi glasbo, ki jo preučujejo, tudi izvajajo, drugi pa se bolj posvečajo analizi in interpretaciji.
Terensko delo omogoča etnomuzikologom, da se potopijo v glasbo in kulturo ljudi, ki jih preučujejo, kar jim omogoča, da pridobijo globoko razumevanje vloge, ki jo igra glasba v njihovih življenjih.
Ker se kulture in glasbene prakse nenehno spreminjajo, etnomuzikologi pogosto zbirajo avdio in videoposnetke, prepisujejo in analizirajo glasbene izvedbe, ustvarjajo glasbila, skladajo in aranžirajo glasbo ter dokumentirajo rezultate svojih raziskav v knjigah, člankih in drugih publikacijah.