Brunov oče je povišan v poveljnika Auschwitza, družina pa se preseli v koncentracijsko taborišče. Bruno je zmeden in vznemirjen zaradi sprememb v njegovem življenju. Ne razume, zakaj mora zapustiti prijatelje in dom, in ne razume, kaj se dogaja z ljudmi v koncentracijskem taborišču.
Bruno sreča Shmuela.
Nekega dne Bruno raziskuje ozemlje koncentracijskega taborišča, ko na drugi strani ograje zagleda mladega fanta. Fant nosi črtasto pižamo in je videti zelo žalosten. Bruno se začne pogovarjati s fantom in postaneta prijatelja. Shmuel pripoveduje Brunu o svojem življenju v koncentracijskem taborišču in Bruno začne razumeti grozote tega, kar se dogaja.
Bruno se prikrade v koncentracijsko taborišče.
Nekega dne se Bruno odloči pretihotapiti v koncentracijsko taborišče, da bi obiskal Shmuela. Obleče si črtasto pižamo in se izmuzne skozi ograjo. Bruno najde Shmuela in skupaj preživita dan. Igrajo se igre, se pogovarjajo in smejijo. Bruno spozna, da tudi v najtemnejših časih še vedno obstaja upanje.
Bruno in Shmuel sta ubita.
Naslednji dan Bruna in Shmuela ujamejo nacisti. Odpeljejo jih v sobo in jim dajo smrtonosno injekcijo. Bruno in Shmuel umreta skupaj, njuni trupli pa sežgejo v krematoriju.
Deček v črtasti pižami je močna in ganljiva zgodba o holokavstu. Je zgodba o prijateljstvu, nedolžnosti in moči upanja.