* Dvojnost človeške narave: To je najvidnejša tema. Roman raziskuje notranji konflikt med dobrim in zlim v vsakem posamezniku. Jekyll predstavlja spoštljivo, dobronamerno stran človeške narave, medtem ko Hyde uteleša temne, prvinske nagone, ki se skrivajo pod površjem.
* Nevarnosti zatiranja svoje prave narave: Ko poskuša zatreti svoje temnejše impulze, jih Jekyll na koncu sprosti v obliki Hydea. Zgodba nakazuje, da je lahko zanikanje ali zatiranje delov sebe uničujoče.
* Moč znanosti in njen potencial zlorabe: Jekyllovi poskusi s preobrazbo v Hydea predstavljajo oholost znanosti, idejo, da se ljudje lahko igrajo Boga in posegajo v naravo. Zgodba svari pred nenadzorovanim iskanjem znanja in njegovimi potencialno škodljivimi posledicami.
* Posledice greha in odrešitve: Hydeova dejanja predstavljajo posledice vdajanja zlim željam. Zgodba raziskuje tudi možnost odrešitve, saj se Jekyll poskuša odkupiti za svoja dejanja in se na koncu sooči s posledicami svojih odločitev.
* Narava identitete: Jekyllova preobrazba v Hydea postavlja vprašanja o naravi identitete. Je identiteta fiksna ali tekoča? Se lahko človek resnično loči od temnejših vidikov svoje osebnosti?
* Družbena hinavščina in viktorijanska morala: Roman kritizira togi moralni kodeks viktorijanske družbe in hinavščino, ki je pogosto v njegovem ozadju. Jekyllova preobrazba v Hydea razkrije temne podtokove, ki obstajajo pod površjem na videz ugledne družbe.
To je le nekaj glavnih tem, ki jih raziskuje "Dr. Jekyll in gospod Hyde." Roman še naprej odmeva med bralci, ker se poglablja v brezčasna vprašanja o človeški naravi, morali in zapletenem razmerju med dobrim in zlim.