Vrhunec: Možje X se skupaj s svojimi zavezniki soočijo s Sebastianom Shawom in njegovo ekipo mutantskih zlikovcev v zadnjem obračunu na jedrski podmornici. Erik Lehnsherr (Magneto) se sprva želi maščevati za grozodejstva, storjena nad mutanti, in grozi, da bo z jedrskimi raketami podmornice uničil svet.
Prelomnica: Vmeša se Charles Xavier (profesor X), pritegne Erikovo človečnost in ga spomni, da je njihov pravi cilj zaščititi mutante, ne uničiti človeštva. Ta trenutek povezanosti med dvema prijateljema obrne tok bitke.
Zmaga: Možje X s pomočjo Moire MacTaggert uspejo razorožiti izstrelke in premagati Shawa in njegovo ekipo.
Grenko-sladek konec: Medtem ko so si zagotovili začasno zmago, se film konča z melanholično noto:
* Erikova izdaja: Kljub temu, da so ga Charlesove besede zavedle, se Erik še vedno počuti globoko ranjenega zaradi preganjanja mutantov in odide, da bi začel svojo pot, kar namiguje na potencialni prihodnji konflikt s Charlesom in Možjem X.
* Charlesova krivda: Charlesu je zaradi Erikovega odhoda strto srce in nosi breme lastne krivde zaradi tragedije kubanske raketne krize, ki jo je nevede pomagal preprečiti, a za ceno na tisoče življenj.
* Začenja se novo obdobje: Film se konča z oblikovanjem Možje X kot ekipe, ki je namenjena zaščiti tako ljudi kot mutantov, vendar z občutkom negotovosti glede prihodnosti in potencialne grožnje, ki jo predstavlja naraščajoča zamera Erika Lehnsherrja.
Konec pušča dolgotrajno vprašanje: Bosta Erik in Charles ostala na nasprotnih straneh ali bosta našla način, kako premostiti svoje razlike? To vprašanje postavlja temelje za prihodnost franšize Možje X.