Med vojno so bili Yahiko, Nagato in Konan priča grozotam vojne in so se odločili, da bodo nekega dne ustvarili svet brez vojne in bolečine. Ustanovili so Akatsuki, organizacijo, namenjeno doseganju miru na kakršen koli način.
Sprva je bil Akatsuki majhna organizacija, ki se je osredotočala na pomoč majhnim vasem in državam, ki jih je prizadela vojna. Vendar, ko je organizacija rasla v moči in vplivu, je začela pritegniti pozornost večjih shinobi vasi. Vasi so Akatsukije začele videti kot grožnjo in začele ukrepati proti organizaciji.
Zaradi pritiska iz vasi so se Akatsuki začeli spreminjati. Postala je bolj militarizirana in začela se je bolj osredotočati na pridobivanje moči kot na doseganje miru. Organizacija je začela novačiti kriminalce ranga S in v svojih metodah postajala vse bolj neusmiljena.
Sčasoma so Akatsuki premagali Naruto Uzumaki in njegovi prijatelji, njegovi člani pa so se razkropili po vsem svetu. Vendar zapuščina Akatsukija še naprej živi in ostaja simbol nevarnosti ekstremizma.