Glavni zlobnež v Phineasu in Ferbu je dr. Doofenshmirtz .
Je neumen, a nekoliko grozeč znanstvenik, ki nenehno skuša s svojimi izumi zavzeti območje treh držav, a mu vedno spodleti, ker mu Phineas in Ferb nenehno preprečujeta načrte. Znan je tudi po svoji krilati frazi "Preklet, Perry the Platypus!".