Danforth je bil vključen v sojenja že od začetka in je bil prisoten na številnih pregledih in zaslišanjih. Pogosto je zasliševal obtožene in jih silil, naj priznajo krivdo. Imel je tudi vlogo pri izreku kazni obtoženim in je podpisal številne smrtne sodbe.
Zgodovinarji in pravni strokovnjaki so Danforthova dejanja med sojenji močno kritizirali. Pogosto ga vidijo kot simbol ekscesov čarovniških sodnih procesov v Salemu in nevarnosti dovolitve histeriji in predsodkom, da preglasijo razum in pravičnost.