Takole deluje:
1. Začetek: Igro začnete tako, da odgovorite na vprašanja o svoji osebnosti. To pomaga igri ugotoviti, kateri Pokémon vam najbolj ustreza.
2. Partner Pokémon: Na podlagi vaših odgovorov vam igra izbere partnerskega Pokémona.
3. Začetni Pokémon: Nato izberete svojega začetnega Pokémona med tremi možnostmi:Charmander, Squirtle ali Bulbasaur.
Torej, če želite postati Charmander v Pokémon Mystery Dungeon, vam ni treba odgovoriti na nobeno specifično vprašanje. Samo Charmander morate izbrati, ko imate možnost.