Clarendonske ustave: Henrik II. je leta 1164 izdal niz zakonov, znanih kot Clarendonske ustave. Ti zakoni so skušali omejiti moč in privilegije Cerkve v Angliji, zlasti glede imenovanja škofov in pristojnosti nad duhovščino, obtoženo kaznivih dejanj. Becket je kot canterburyjski nadškof nasprotoval konstitucijam kot posegu v avtonomijo Cerkve.
Cerkvena imuniteta: Henrik II je želel uveljaviti svoj nadzor nad duhovščino in jo spraviti pod jurisdikcijo kraljevih sodišč. Becket je po drugi strani verjel, da bi morala biti duhovščina podvržena le cerkvenim sodiščem, pri čemer je trdil, da ima Cerkev pravico urejati svoje zadeve.
Imenovanje škofov: Henrik II. je želel imeti besedo pri imenovanju škofov in zagotoviti, da so mu zvesti in podpirajo njegovo politiko. Becket je vztrajal, da mora izbira škofov temeljiti izključno na verskih zaslugah, brez kraljevega vmešavanja.
Konflikt glede pristojnosti: Konflikt se je stopnjeval, ko je bil uradnik po imenu Philip de Brois obtožen zločina in so ga terjala tako kraljeva sodišča kot cerkveno sodišče. Becket ni hotel izročiti uradnika kraljevim sodiščem z argumentom, da je s tem kršil pristojnost Cerkve.
Nesoglasje med Henrikom II. in Becketom je simboliziralo širši boj med monarhijo in Cerkvijo za nadzor in oblast. Konflikt je dosegel vrhunec z atentatom na Thomasa Becketa v canterburyjski katedrali leta 1170, ki so ga izvedli vitezi, zvesti Henriku II. Umor Becketa je sprožil velik odziv in na koncu povzročil, da je Henrik II. popustil in ponovno potrdil privilegije in neodvisnost Cerkve.