1. Konflikt z zunanjim svetom: Santiago se na svojem potovanju sooča z različnimi zunanjimi ovirami. Ti vključujejo:
* Nevarnosti puščave: Srečuje se s tatovi, težkim vremenom in nenehno grožnjo dehidracije in lakote.
* Kulturne razlike in predsodki: Predvsem v puščavi se sooča s sumi in nezaupanjem ljudi različnih kultur in okolij.
* Izziv premagovanja lastnih strahov in negotovosti: To vključuje njegov strah pred izgubo vsega, njegove dvome o lastnih sposobnostih in pritisk družbenih pričakovanj.
2. Konflikt s svojim notranjim jazom: Santiago na svojem potovanju doživlja velik notranji boj, saj se spopada z:
* Njegovi dvomi in strahovi: Sprašuje se o lastnih sposobnostih in veljavnosti svojih sanj, pogosto se prepusti strahu in odlašanju.
* Skušnjava udobja in varnosti: Mika ga, da bi opustil svoje potovanje in se vrnil v svoje običajno življenje ter žrtvoval svoje sanje za udoben obstoj.
* Boj za ohranitev vere: Santiago se mora nenehno spominjati svoje vere v Osebno legendo in premagati skepticizem in negativnost, ki izhaja iz njegovega notranjega glasu in sveta okoli njega.
Ti konflikti, tako zunanji kot notranji, se prepletajo in prispevajo k splošni temi knjige, ki je pomembnost sledenja svojim sanjam in sprejemanja poti samoodkrivanja.