Natančen vzrok njegove smrti ni znan, vendar se verjame, da je bil srčni napad zaradi ostrih pogojev, ki jih je zdržal. Našli so ga mrtvega v bližini šotora, truplo pa je bilo pokopano pod snežnim dnom.
Pomembno je opozoriti, da Wegenerjeva teorija o kontinentalnem odmiku, ki jo je predlagal leta 1912, v njegovem življenju ni bila splošno sprejeta. Umrl je razmeroma neznan znanstvenik, toda njegova prelomna teorija se je na koncu izkazala za pravilno in zdaj velja za eno najpomembnejših oseb v zgodovini geologije.