Ena pomanjkljivost prilagojene programske opreme?

Po meri napisana programska oprema ima lahko več pomanjkljivosti v primerjavi s programsko opremo, ki je že pripravljena ali že pripravljena. Ena od glavnih pomanjkljivosti so višji stroški, povezani z razvojem programske opreme po meri. Programska oprema po meri je običajno razvita iz nič, da bi izpolnila posebne zahteve organizacije ali posameznika, kar zahteva znatne naložbe v smislu časa, truda in virov. Zaradi tega je lahko manj stroškovno učinkovita možnost v primerjavi s standardno programsko opremo, ki je že razvita in jo je mogoče kupiti po nižji ceni.