Znanstvena priznanja:
* Copleyjeva medalja (1874) :Podeljuje ga Royal Society of London, ena najprestižnejših znanstvenih nagrad na svetu, za svoje delo o fermentaciji in klicni teoriji bolezni.
* Rumfordova medalja (1874) :Nagrada Kraljeve družbe v Londonu za njegove raziskave o polarizaciji svetlobe in njeni uporabi.
* Albertova medalja (1881) :Nagrado Royal Society of Arts za njegov prispevek k javnemu zdravju in preprečevanju bolezni.
* Vitez legije časti (1853) :Prestižna francoska čast, ki se podeljuje posameznikom, ki so pomembno prispevali k narodu.
* Veliki križec Legije časti (1881) :Najvišji čin legije časti, priznanje za Pasteurjeve izjemne dosežke.
* Član francoske akademije znanosti (1862) :Eno najvišjih znanstvenih priznanj v Franciji.
* Tuji član Kraljeve družbe (1869) :čast, ki je priznanje za njegov prispevek k znanosti zunaj Združenega kraljestva.
Druge nagrade:
* Nagrada Francoske akademije znanosti (1856) :Nagrajen za svoje delo o fermentaciji.
* Nagrada Pariške akademije znanosti (1862) :Nagrajen za svoje delo o klicni teoriji bolezni.
Poleg teh posebnih nagrad je Pasteur v svoji karieri prejel tudi številne druge časti in priznanja, s čimer je utrdil svojo dediščino enega najvplivnejših znanstvenikov 19. stoletja.