Čajkovski je umrl 6. novembra 1893 (25. oktobra po starem ruskem julijanskem koledarju) zaradi kolere, ki je bila takrat resna javnozdravstvena skrb in se je lahko hitro razširila, če bi okuženo vodo zaužili nevede. Čeprav se to danes marsikomu morda zdi »nenavadno«, izbruhi kolere takrat niso bili nič posebnega.
Takrat je v okolici Sankt Peterburga (današnjega Leningrada v Rusiji), kjer je prebival Čajkovski, izbruhnila kolera. Na žalost se je okužil z bakterijo, ki je v nekaj dneh resno vplivala na njegovo zdravje in na koncu prispevala k njegovi smrti.
Da bi preprečili poznejše špekulacije in polemike, je diagnoza zdravnikov navedla verjetno okužbo z okuženo vodo ali neprekuhano hrano, ki bi jo Čajkovski morda nenamerno zaužil. O njegovi smrti ne obstaja nobena nenavadna teorija, razen bolezni, ki je povzročila smrt.