V Shreku tretjem bosta Shrek in Fiona kmalu postala starša. Vendar preden se lahko ustalijo, jih zmoti sel iz Daleč daleč stran. Glasnik jih obvesti, da je kralj Harold umrl in da je Shrek naslednji v vrsti za prestol.
Shrek noče prevzeti vloge kralja, a na koncu pristane. On, Fiona in Donkey se odpravijo v Far Far Away, kjer jih meščani srečajo sovražno. Prav tako se soočijo z očarljivim princem, ki je odločen, da bo zase prevzel kraljestvo.
S pomočjo svojih prijateljev lahko Shrek premaga očarljivega princa in reši kraljestvo. Spozna tudi, da je dober oče in da je sposoben biti dober kralj.
Poleg glavne zgodbe ima Shrek Tretji tudi številne podzaplete. Ti podzapleti vključujejo dogodivščine Osla in Obutega mačka ter poskuse Hudobne čarovnice, da oživi svojega moža, Lorda Farquada.
Shrek Tretji je zabaven in zabaven film, ki bo zagotovo všeč ljubiteljem serije Shrek. Je zgodba o družini, prijateljstvu in pomembnosti biti zvest sam sebi.