Glavni antagonisti:
* Magneto: Magneto, najbolj ikonični zlobnež iz Možje X, je močan mutant s sposobnostjo manipuliranja z magnetizmom. Verjame, da so mutanti boljši od ljudi in bi morali vladati svetu, kar je pogosto v nasprotju s sanjami profesorja X o mirnem sobivanju.
* Apokalipsa: Močan, starodavni mutant s sposobnostjo absorbiranja moči drugih, Apokalipsa želi očistiti svet in ustvariti nov red, v katerem bo vladal sam.
* Sabertooth: Divji in brutalni mutant z okrepljenimi čuti, nadčloveško močjo in sposobnostmi regeneracije, Sabertooth je neizprosen plenilec in zaprisežen sovražnik Wolverina.
* Mystique: Mystique, mojstrica spreminjanja oblike in prevare, je izurjena vohunka in morilka, ki pogosto deluje v senci. Z Možje X ima zapleten odnos, včasih deluje kot zaveznik, drugič pa kot neusmiljen sovražnik.
* Bratstvo mutantov: Skupina mutantov pod vodstvom Magneta, ki verjame, da so ljudje sovražniki in da morajo mutanti vladati. Ta skupina je v preteklih letih vključevala številne člane, med njimi Toad, Pyro in Blob.
Drugi pomembni nasprotniki:
* g. Sinister: Briljanten, a neusmiljen genetik, obseden z manipulacijo evolucije mutantov.
* The Juggernaut: Neustavljiva sila narave z neizmerno močjo in neranljivostjo.
* The Sentinels: Zmogljivi roboti, zasnovani za lov in uničevanje mutantov.
* Klub Hellfire: Ekskluzivna in močna organizacija, ki želi nadzorovati mutantske moči za svoje cilje.
* William Stryker: Vojaški vodja, ki verjame, da so mutanti grožnja človeštvu, in jih želi odpraviti.
Organizacije:
* AIM (Napredna mehanika idej): Znanstvena organizacija, ki se pogosto ukvarja z nevarno tehnologijo in se je večkrat spopadla z Možjem X.
* Hidra: Globalna teroristična organizacija z zgodovino iskanja nadzora mutantskih sil.
* Čistilci: Fanatična skupina ljudi, ki verjame, da so mutanti kuga za svet.
Pomembno je omeniti, da so se Možje X v svoji dolgi zgodovini soočali s številnimi drugimi nasprotniki, vendar so to nekateri najbolj opazni in ponavljajoči se sovražniki. Sovražniki Možje X odražajo zapletene teme predsodkov, strahu in boja za enakost, ki se prepletajo skozi celotno franšizo.