1. Super Junior-K.R.Y.:To podenoto sestavljajo trije člani - Kyuhyun, Ryeowook in Yesung. Znani so po čustvenih baladah in močnem vokalu.
2. Super Junior-T:Ta podskupina promovira na Tajskem in jo sestavljajo člani Leeteuk, Heechul, Shindong, Sungmin in Eunhyuk. Izvajajo pesmi v tajščini in korejščini.
3. Super Junior-M:Ta podenota je primarno aktivna na Kitajskem in jo sestavljajo člani Hangeng (nekdanji član), Siwon, Donghae, Ryeowook, Kyuhyun in Zhou Mi. Izvajajo pesmi v mandarinski kitajščini.
4. Super Junior-H:Ta podenota je znana po kasaški glasbi. Sestavljajo ga člani Leeteuk, Yesung, Kangin, Shindong, Sungmin in Eunhyuk. Trot je tradicionalna korejska glasbena zvrst, za katero so značilni hiter tempo in optimistični ritmi.
5. Super Junior-D&E:ta dvojec sestavljata člana Donghae in Eunhyuk. Znani so po privlačni elektronski plesni glasbi in energičnih nastopih.
6. Super Junior-Happy:Za to podenoto je značilna svetla in vesela glasba. Sestavljajo ga člani Yesung, Shindong, Sungmin in Leeteuk.
Te podskupine omogočajo Super Juniorju, da raziskuje različne glasbene stile in koncepte, hkrati pa prikazuje talente in prednosti različnih članov.