Morrisonova smrt se je zgodila v Parizu v Franciji, kjer je živel s svojo partnerko Pamelo Courson. 2. julija 1971 je Courson našel Morrisona nezavestnega v kopalni kadi njegovega stanovanja. Poklicala je na pomoč in Morrisona so odpeljali v bolnišnico, kjer so ga ob prihodu razglasili za mrtvega.
Natančne okoliščine Morrisonove smrti niso bile nikoli popolnoma pojasnjene. Nekateri viri trdijo, da je umrl zaradi prevelikega odmerka mamil, medtem ko drugi domnevajo, da je morda utrpel srčni napad ali kombinacijo dejavnikov. Poročilo obdukcije je pokazalo, da je Morrison pred smrtjo zaužil veliko količino alkohola in heroina.
Teorije o Morrisonovi smrti še vedno krožijo do danes in ostaja ena najtrajnejših skrivnosti v zgodovini rock glasbe. Morrisonova prezgodnja smrt v tako mladih letih je še povečala njegov status ikone in ga naredila za simbol presežkov in tragedij, ki pogosto spremljajo svet rokenrola.