Tukaj je nekaj posebnih intelektualnih vrednosti Fantoma iz opere:
* Raziskovanje ljubezni in obsedenosti: Roman raziskuje kompleksen odnos med Fantomom in Christine Daaé. Fantom je obseden s Christine in se ne bo ustavil pred ničemer, da bi pridobil njeno ljubezen, tudi če bo to pomenilo, da se bo zatekel k nasilju. Christine prav tako privlači fantom, vendar jo odbija tudi njegova temna stran. Roman raziskuje napetost med ljubeznijo in obsedenostjo ter uničujočo moč obeh.
* Raziskovanje narave umetnosti: Roman raziskuje tudi naravo umetnosti in vlogo umetnika. Fantom je sijajen glasbenik, a je tudi pošast. Roman postavlja vprašanje, ali je umetnost mogoče ločiti od umetnika in ali je mogoče, da je velik umetnik dober človek.
* Zgodovinski dokument: Fantom iz opere je tudi dragocen zgodovinski dokument. Omogoča vpogled v svet Pariza 19. stoletja in svet opere. Roman je poln podrobnosti o arhitekturi Pariza, kostumih v operi in življenju ljudi, ki so delali v gledališču.
Fantom iz opere je kompleksen in zahteven roman, ki nagrajuje natančno branje in analizo. Gre za umetniško delo, ki je prestalo preizkus časa in v njem še vedno uživajo bralci po vsem svetu.