Konflikt zgodbe poudarja čustva, maščevanje in medsebojno delovanje med družbenimi predsodki in notranjim bojem, namesto da raziskuje interakcijo med človeštvom in naravo. Poleg tega, ker se večina dogodkov odvija v mejah Palais Garnier, naravni elementi v tej zgodbi niso posebej poudarjeni. Zato ni konflikta med človeštvom in naravo, ki poganja pripoved v Fantomu iz opere.