Zgodba je postavljena v Neapelj in govori o dveh mladeničih, Ferrandu in Guglielmu, ki sta zaljubljena v dve sestri, Fiordiligi in Dorabello. Moški so prepričani, da so njihove ljubljene zveste, toda Don Alfonso, starejši prijatelj, jih izzove k stavi. Stavi, da lahko ženske zaljubi v druge moške.
Don Alfonsov načrt vključuje prepričevanje Ferranda in Guglielma, naj se pretvarjata, da gresta v vojno. Takoj ko odideta, ženskam predstavi dva nova moška, Donatija in Iocanea. Moški snubijo ženske in se sprva upirajo njihovim nagovarjanjem. Vendar s časom začnejo slabeti.
Sčasoma se Ferrando in Guglielmo vrneta iz vojne. Šokirana in zlomljena sta, ko ugotovita, da sta bili njuni zaročenki nezvesti. Vendar Don Alfonso razkrije, da je bila vsa stvar trik. Moškim je želel pokazati, da ženske niso vedno tako zveste, kot se zdijo.
Cosi fan tutte je komična opera, vendar vsebuje tudi elemente tragedije. Liki so postavljeni pred težke odločitve in na koncu se morajo odločiti, kaj je zanje najpomembnejše. Opera je raziskovanje ljubezni, zvestobe in narave človeških odnosov.