V romanu je Fantom deformiran moški, ki nosi masko, da bi zakril svoj obraz. Živi v katakombah pod operno hišo in uporablja svoj glasbeni genij za nadzor opernih pevcev in odrskih delavcev. Fantom se zaljubi v mlado sopranistko Christine Daaé in postane obseden z njo. Ta jo ugrabi in odpelje v svoj brlog v katakombah. Christine na koncu pobegne od Fantoma, ki izgine v noč.
Usoda Fantoma je v romanu dvoumna. V izvirni francoski različici romana naj bi se Fantom obesil v katakombah. V angleškem prevodu pa naj bi Phantom izginil v pariško kanalizacijo.