Mučilnica je bila v kleti stolpa in je bila sestavljena iz niza majhnih temnih celic. Vsaka celica je bila opremljena z različnimi mučilnimi napravami, vključno z nosilci, biči in vijaki. Zapornike so pogosto slekli do nagega in jih ure in ure mučili, da bi iz njih pridobili priznanje ali podatke o svojih verskih prepričanjih.
Nekatere najpogostejše metode mučenja, ki se uporabljajo v Torre de la Inquisición, so vključevale:
- Polica: Ujetnika so privezali na lesen okvir in ga raztegovali, dokler se jim sklepi niso izpahnili.
- Bič: Jetnika so bičali z bičem iz usnja ali kovinskih palic.
- Klačasti vijaki: Zapornikovi palci so bili zmečkani med dvema kovinskima vijakoma.
- Zdravljenje z vodo: Ujetnika so silili piti velike količine vode, dokler niso bruhali ali se utopili.
- Ogenj: Zapornika so zažgali z vročim ogljem ali baklami.
Torre de la Inquisición je bil brutalen in grozljiv kraj in številni zaporniki, ki so jih tam mučili, so umrli zaradi poškodb. Mučilnica je bila sčasoma zaprta v 18. stoletju, vendar ostaja srhljiv opomin na temno zgodovino španske inkvizicije.