Tukaj je opisano, kako sistem Shadow Pokémon deluje v Xenogears:
1. Osvestiti senčnega pokémona: Shadow Pokémone lahko onesvestiš v bitkah, tako kot vse druge sovražnike. To jih pravzaprav ne "ujema".
2. Pravi pomen "Capture": Dejanje "ujetja" Shadow Pokémona v Xenogears pomeni poragati ga v bitki in nato vsrkavanje njihove energije in spominov v svoje like . To storite z uporabo zmožnosti »Zajemi« , ki je na voljo določenim likom.
3. Sposobnost »Capture«: Sposobnost "Capture" ni nekaj, kar se naučite ali kupite; to je del inherentnih sposobnosti lika. Ko lahko lik uporabi sposobnost »Capture«, boste med bitko po zmagi nad Shadow Pokémonom lahko videli poseben ukaz. Z uporabo tega ukaza boste lahko absorbirali njihovo energijo in spomine.
Zato ne morete znova "ujeti" omedlelega Shadow Pokémona. Ko premagate senčnega pokémona, ga bodisi absorbirate (z Capture), ali pa izginejo za vedno.
Oblikovalci igre so verjetno izbrali ta sistem, da bi poudarili teme izgube, žrtvovanja in boja proti temi, ki so osrednjega pomena za Xenogearsovo pripoved.