1. Dialga bo sprostil Time Gears, ki jih je absorbiral, in povrnil tok časa v normalno stanje.
2. Igralec in njegov partner se bosta vrnila v Treasure Town.
3. Pojavil se bo Dialga in razložil igralcu in njegovemu partnerju, da so bila njegova dejanja potrebna za preprečitev večje katastrofe. Razkrije, da sila, znana kot "temna snov", manipulira s časom in povzroča različna izkrivljanja in napake v svetu.
4. Dialga zadolži igralca in njegovega partnerja za zaustavitev temne snovi.
5. Po tem pogovoru se bo zgodba nadaljevala z igralcem in njihovim partnerjem, ki raziskujeta ječe, se borita s Pokemoni in zaposlujeta nove člane ekipe, ko si prizadevata odkriti resnico za temno snovjo in zaustaviti njene nečedne načrte.