Zgodba igre se vrti okoli "Eggman Empire," skupina robotov in pošasti, ki jih nadzoruje dr. Eggman. Ta imperij sestavljajo različni "jajčevi podložniki", vsak z edinstvenimi sposobnostmi in videzom.
Medtem ko so nekateri od teh podložnikov, kot je "Egg Pawn" in "Egg Hornet," so znani, drugi so bolj skrivnostni. Med tiste, ki jih najpogosteje imenujemo "skrivnostne pošasti", so:
* "Egg Cerberus": Troglavi psu podoben robot z močnim svedrom.
* "Jajčni golem": Ogromen, počasen robot z velikim kladivom.
* "Jajčni kralj": Ogromen, prestolu podoben robot z močnimi laserji.
To je le nekaj primerov in številni drugi edinstveni in neimenovani roboti in pošasti se pojavljajo skozi igro, kar prispeva k skrivnostnosti in spletkam.
Torej, čeprav ni niti ene same "skrivnostne pošasti", kolektivna prisotnost teh edinstvenih in zanimivih likov prispeva k očarljivemu in skrivnostnemu vzdušju Sonic Heroes.