Konec 1:Legendarni duo (Partner:Pikachu)
* Partner: Pikachu
* Končna bojna izbira: Sprejmite ponudbo in postanite novi legendarni dvojec
Ta konec prikazuje, kako ti in Pikachu postajata novi legendarni dvojec, ki ima nalogo zaščititi svet pred temo. To je srečen konec, vendar pomeni tudi veliko odgovornost in nadaljnjo predanost življenju reševalne ekipe.
Konec 2:Potovanje reševalne ekipe se nadaljuje (Partner:kateri koli drugi Pokémon)
* Partner: Kateri koli Pokémon razen Pikachuja
* Končna bojna izbira: Zavrnite ponudbo, da postanete novi legendarni dvojec
Ta konec se osredotoča na nadaljnjo pustolovščino vaše reševalne ekipe, s poudarkom na močni povezanosti ekipe in njihovi nenehni predanosti pomoči drugim. Prikazuje, da vi in vaš partner še naprej pomagate Pokémonom v stiski in skupaj raziskujete svet.
Pomembna opomba:
* Pomembno je vedeti, da je izbira, da postanete legendarni dvojec, na voljo le, če igrate s Pikachujem kot partnerjem.
* Medtem ko ima vsak partner edinstven dialog in osebnost, celoten lok zgodbe in izbire znotraj igre ostajajo enaki ne glede na izbranega partnerja.
Ne glede na to, kateri konec dobite, oba konca prikazujeta izpolnjujoče in smiselno potovanje reševalne ekipe Pokemon Mystery Dungeon Rescue Team, ki poudarja teme prijateljstva, timskega dela in samopožrtvovanja.