Tehnične težave:
* Slabo optimizirano: Igra je bila prepredena s padci hitrosti sličic, napakami in upočasnitvami, zlasti na PlayStation 3. Zaradi tega se je celo osnovno igranje zdelo okorno in frustrirajoče.
* Oblikovanje ravni: Številne ravni so se ponavljale, nenavdihnjene in zmedene. Koti kamere so pogosto ovirali igranje, zaradi česar je bilo težko krmariti.
* Napake: Sonic 06 so pestili številni hrošči, od sovražnikov, ki so postopoma prehajali skozi zidove, do modelov likov, ki so se prebijali po okolju. To je povzročilo neverjetno nestabilno in zlomljeno izkušnjo.
Težave pri igranju:
* Neodzivni kontrolniki: Sonic, Shadow in Silver so se zdeli nerodni za nadzor, z nedosledno fiziko in spolzkim gibanjem.
* Oblikovanje ravni: Ravni pogosto niso bile raznolike, s ponavljajočimi se okolji in nenavdihnjenimi triki. To je vodilo do monotone in neprivlačne izkušnje.
* Zahtevni boji s šefi: Številne bitke s šefi so bile frustrirajoče nepoštene, z nejasnimi vzorci napadov in poceni taktikami.
Težave z zgodbo:
* Zmedeno in zapleteno: Zgodba je bila zapletena zmešnjava z zmedenimi točkami zapleta, nedoslednimi motivacijami likov in nesmiselnim koncem.
* Šibek razvoj znakov: Liki, zlasti Shadow in Silver, so bili slabo napisani in jim je primanjkovalo globine. Njihovi odnosi so bili vsiljeni in brez čustvene teže.
* Prisiljena romanca: Uvedba Elise, človeške princese, je bila moteč dodatek vesolju Sonic in se je zdela prisiljena in nepotrebna.
Drugi dejavniki:
* Hiten razvoj: Z igro so pohiteli, da bi izpolnili praznični rok, kar je povzročilo zelo nedokončan izdelek.
* Slabo trženje: Sonic 06 je bil pred izidom močno tržen, kar je nazadnje povzročilo razočaranje med oboževalci zaradi slabe kakovosti igre.
Na splošno Sonic 06 ni izpolnil svoje obljube glede sveže in inovativne izkušnje Sonic. Njene tehnične težave, napake pri igranju in zapletena zgodba so poskrbele za frustrirajočo in razočarajočo igro, ki na splošno velja za nizko točko za franšizo.
Pomembno je omeniti, da imajo nekateri oboževalci morda drugačno mnenje o igri in morda uživajo v njenih pomanjkljivostih. Vendar pa so njegov splošni sprejem in kritične kritike izjemno negativni.