Obstajata dve glavni komori:
* Senčna dvorana: Tukaj se prvič soočite s Shadow Pokémoni. Z njimi se morate boriti, da jih očistite.
* Komora teme: To je zadnja soba, kjer se soočite s končnim šefom, vodjo senčnih Pokémonov. Dostopen je po dokončanju določenih nalog in čiščenju več senčnih Pokémonov.
Natančna lokacija znotraj Shadow Pokémon Facility v igri ni navedena, vendar jo običajno najdemo globlje v objektu, ko napredujete skozi zgodbo.