* 1567: Po smrti moža, lorda Darnleyja, in poroki z grofom Bothwellom je bila Mary prisiljena odreči se škotskemu prestolu in zaprta na gradu Lochleven .
* 1568: Pobegnila je iz gradu Lochleven, vendar je bila poražena v bitki pri Langsideu in pobegnila v Anglijo, kjer je bila zaprta do konca svojega življenja. Sprva je bila zaprta na gradu Carlisle.
* 1568-1572: Preselili so jo v grad Bolton in nato v grad Sheffield.
* 1572-1587: Mary so preselili v grad Tutbury, dvorec Wingfield, Coventry, hišo Chatsworth in nazadnje v grad Fotheringhay, kjer so ji leta 1587 sodili in jo usmrtili.
Pomembno je omeniti, da ni bila vedno v težkih razmerah. Nekateri njeni zapori so bili udobnejši od drugih, odvisno od lokacije in političnega ozračja. Vendar je bila ves čas pod strogim nadzorom in nikoli več ni prišla na prostost.