Zgodba filma se osredotoča na odkritje Skrinje, skrite vesoljske ladje z močnim orožjem, in poznejšo bitko proti Deceptikonom. Človeški liki so večinoma osredotočeni na Sama Witwickyja (Shia LaBeouf) in njegovo novo dekle Carly Spencer (Rosie Huntington-Whiteley).
Medtem ko uradni razlog za odsotnost Megan Fox ni bil javno naveden, je splošno prepričanje, da je njen odhod posledica ustvarjalnih razlik z režiserjem Michaelom Bayem. Med produkcijo filma Transformers:Revenge of the Fallen (2009) naj bi med Foxom in Bayem prišlo do napetosti.
Kljub njeni odsotnosti Mikaelina usoda v filmu ni eksplicitno obravnavana. Namigovano je, da sta se s Samom razšla.