Arsenal Gear je ogromna podmornica, oborožena z jedrskim orožjem. Nadzira ga Solidus Snake, vodja teroristične organizacije Sons of Liberty. Raiden, lik igralca, se mora infiltrirati v Arsenal Gear in preprečiti, da bi Solidus uporabil jedrsko orožje.
Bitka s Solidusom je razburljiv in zahteven boj. Solidus je močan nasprotnik in uporablja različna orožja in tehnike, da premaga Raidena. Raiden mora uporabiti vse svoje spretnosti in sposobnosti, da premaga Solidusa in reši svet.
Uničenje Arsenal Gear in zadnja bitka s Solidus Snake sta nepozaben trenutek, ker je prelomnica v igri. To je točka, ko Raiden končno premaga svoje sovražnike in reši svet. To je tudi trenutek velike katarze, saj se Raiden končno maščuje za smrt svojih staršev.