1. Napad dementorja: Knjiga se začne s Harryjem, ki ga napadejo dementorji, ko je na poti v hišo njegovega bratranca Muggle Dudleyja. Za boj proti dementorjem uporablja čar Patronusa, vendar je zaradi nezakonite uporabe magije zunaj Hogwartsa izključen.
2. Feniksov red: Sirius Black, Harryjev boter, mu pove, da Ministrstvo za magijo poskuša zakriti poročila o Voldemortovi vrnitvi. Za boj proti temu Dumbledore ustanovi Feniksov red, skrivno organizacijo, namenjeno boju proti Voldemortu in njegovim privržencem.
3. Propaganda ministrstva: Ministrstvo diskreditira Harryjevo poročilo o Voldemortovi vrnitvi in ga označi za lažnivca in iskalca pozornosti. The Daily Prophet, čarovniški časopis, objavlja negativne članke o Harryju, kar še bolj očrni njegov ugled.
4. Obramba pred temnimi silami: Dolores Umbridge, višja uradnica ministrstva, je imenovana za novo profesorico obrambe pred temnimi silami na Hogwartsu. Učencev noče učiti praktičnih obrambnih urokov, češ da zadostuje teoretično znanje.
5. Študentski upor: Razočarani nad Umbridgeinimi metodami in nepripravljenostjo ministrstva, da sprejme resnico o Voldemortu, Harry, Hermiona Granger in Ron Weasley ustanovijo podtalno študentsko organizacijo, imenovano Dumbledorjeva vojska. Na skrivaj se srečata, da se naučita pravilne obrambe pred temnimi silami.
6. Razkrita prerokba: Harry iz prerokbe, skrite v Oddelku za skrivnosti, izve, da mora on ali Voldemort ubiti drugega, da preživi. Njuni usodi sta neločljivo povezani.
7. Bitka na oddelku za skrivnosti: Voldemort zvabi Harryja in njegove prijatelje na Oddelek za skrivnosti, kjer iščejo prerokbo, za katero verjame, da bo zagotovila njegovo nesmrtnost. Sledi napeta bitka med Dumbledorjevo vojsko in Jedci smrti, Voldemortovimi privrženci. Sirius Black umre med spopadom in uniči Harryja.
8. Razkrita resnica: Harry je oproščen, potem ko Ministrstvo za magijo opazi Voldemortovo vrnitev. Dumbledore potrjuje, da je Voldemort poskušal obsediti Harryja kot otroka, vendar mu ni uspelo.
9. Posledice in grozljivka: Knjiga se konča s čarovniškim svetom v visoki pripravljenosti, saj ve, da je pomembna bitka proti Voldemortu in njegovim silam neizogibna.
"Harry Potter in Feniksov red" raziskuje teme prijateljstva, poguma in pomembnosti boja za to, kar je prav, sredi vrhunca bitke, ki spremeni potek serije.