Med igranjem lahko karte zavržete iz različnih razlogov, kot so:
- Igranje določenih kart trenerjev in Pokemonov, ki zahtevajo, da se druge karte zavržejo kot strošek
- Zavrženje zaradi določenih napadov, sposobnosti ali učinkov
- Prostovoljno odlaganje kart iz roke, da se na koncu poteze potegnejo karte iz kompleta
- Kazen za kršitev določenih pravil igranja, kot je poskus igranja preveč osnovne energije na istem potezu.