Johann Pachelbel se je rodil 1. septembra 1653 v Nürnbergu. O njegovem otroštvu in izobraževanju ni veliko znanega, le da je študiral glasbo pri skladatelju Heinrichu Schwemmerju, Kapellmeister na šoli St. Sebaldus. Leta 1673 se je vpisal na univerzo v Altdorfu, da bi študiral teologijo, vendar je naslednje leto sprejel prvo službo, kot organist katedrale svetega Štefana v svojem rojstnem kraju.
Ko je leta 1692 Schwemmer umrl, se je Pachelbelov ugled kot glasbenik trdno utrdil in prevzel je mesto svojega nekdanjega učitelja kot kapellmeister v St. Sebaldusu, zadolžen pa je bil tudi za usposabljanje zborovcev iz sosednje šole. Tri leta pozneje je izdal prvega od osmih zvezkov sakralnih zborovskih del, Musikalische Sterbens-Gedancken, ki naj bi bila edina tiskana glasba njegovega življenja. Tega leta se je Pachelbel poročil z Barbaro Gabler, hčerko nürnberškega vinskega trgovca Christopha Gablerja.
Leta 1695, le nekaj mesecev po tem, ko je prvič postal oče, je bil Pachelbel nenadoma odpuščen iz St. Sebaldusa in je zapustil Nürnberg. Ni podatkov o razlogih za njegovo nenadno odpustitev, vendar je bila to za Pachelbela travmatična izkušnja, saj se do konca svoje kariere nikoli ni ustalil na stalnem delovnem mestu.
Po več postankih se je Pachelbelovo življenje stabiliziralo leta 1699, ko je dobil prestižno mesto organista in učitelja v Predigerkirche (Pridigarska cerkev) v Erfurtu, kjer naj bi ostal naslednjih enajst let. Tam ni le opravljal dolžnosti svojega položaja, temveč je tudi aktivno sodeloval pri organiziranju in izvajanju posvetne glasbe.
Leta 1703 je Pachelbelova žena Barbara rodila zadnjega in največjega od njunih sedmih otrok, Wilhelma Hieronymusa, ki je šel po očetovih glasbenih stopinjah in postal ugleden organist in skladatelj. Ko je leta 1707 umrl vojvoda Saxe-Eisenacha, so Pachelbela prosili, naj za to priložnost sestavi spominsko kantato, ki je bila prvič izvedena 15. avgusta 1707.
Leta 1704 je Pachelbelova žena nenadoma umrla in pustila mu je sedem majhnih otrok, za katere je moral skrbeti. Pachelbelova kariera je dosegla vrhunec v 18. stoletju, vendar se je do leta 1705 njegovo življenje nepričakovano in nesrečno obrnilo, ko je njegova hči Catharina Barbara rodila nezakonskega sina. Catharina Barbara je bila prisiljena zapustiti dom in je postala služabnica v gospodinjstvu vojvode Saxe-Eisenacha. Kljub temu incidentu je Pachelbel ostal v dobrih odnosih z vojvodo, ki mu je podelil letno pokojnino, ki je dopolnjevala prihodke organista.
Nekaj let pozneje je Pachelbel sprejel novo mesto organista v cerkvi sv. Mihaela v Hamburgu. Komaj je nastopil svoje nove dolžnosti, je marca 1706 umrl za možgansko kapjo, star dvainpetdeset let, nekaj dni pred prvo obletnico organista v cerkvi sv. Mihaela.
Danes je Johann Pachelbel znan predvsem po svojih orgelskih delih, še posebej po koralnem preludiju na »Vom Himmel hoch da komm ich her« in Chaconne v f-molu ter po Canonu in Gigueu v D-duru za tri violine in continuo. Bil je tudi ugleden skladatelj sakralnih in posvetnih vokalnih del, vključno z več kot 200 sakralnimi koncerti, številnimi mašami in moteti.