- Njegove eksperimentalne metode niso bile vedno stroge. Včasih se je zanašal na anekdotične dokaze in ni vedno nadzoroval spremenljivk. Zaradi tega so bili nekateri njegovi sklepi napačni.
- Včasih je prehitro posploševal svoje poskuse. Pogosto je dal obsežne izjave na podlagi omejenega števila opazovanj. To je vodilo do tega, da so bile nekatere njegove teorije preveč poenostavljene.
- Ni bil vedno odprt za nove ideje. Včasih je bil odporen do novih teorij, ki so nasprotovale njegovim. To mu je preprečilo nekaj pomembnih odkritij.
Kljub tem slabostim je bil Robert Boyle sijajen znanstvenik, ki je pomembno prispeval k znanosti. Njegovo delo je pomagalo postaviti temelje sodobni kemiji in fiziki.