Skozi roman se Jim in njegovi prijatelji, vključno z dr. Liveseyem in Squireom Trelawneyjem, podajo na nevarno potovanje, da bi našli zaklad pred Silverjevo ekipo. Konflikt se stopnjuje, ko se soočata z različnimi ovirami, vključno z nevihtami, zahrbtnim terenom in spopadi s pirati. Končni spopad se zgodi, ko se pirati uprejo in poskušajo prevzeti nadzor nad ladjo, kar privede do vrhunske bitke med Jimom in njegovimi zavezniki proti Silverju in njegovim možem.
V bistvu konflikt v "Otoku zakladov" poganjata iskanje bogastva in pohlep ter boj za oblast in nadzor. Motivacije in želje likov jih postavljajo v nasprotje med seboj, kar ustvarja suspenz in napetost, ko se zgodba odvija. Poleg tega konflikt poudarja temo dobrega proti zlu, saj Jim in njegovi prijatelji predstavljajo poštenost in zvestobo, medtem ko Silver in njegova posadka utelešajo prevaro in izdajo.