Mahabharata pripoveduje zgodbo o boju za prestol kraljestva Hastinapura med dvema skupinama bratrancev, Pandavami in Kauravami. Pandave so pet sinov kralja Panduja, medtem ko so Kaurave sto sinov kralja Dhritarashtre, Pandujevega slepega starejšega brata.
Glavna zgodba se začne, ko Kaurave, ki jih vodi njihov najstarejši brat Duryodhana, zavzamejo prestol Hastinapure, ki upravičeno pripada Pandavam. Pandave so prisiljene v izgnanstvo in ep pripoveduje o njihovih bojih in preizkušnjah med njihovim izgnanstvom ter njihovi morebitni vrnitvi v Hastinapuro, da zahtevajo svojo zakonito dediščino.
Vojna je boj med dobrim in zlim, zgodba pa je polna kompleksnih likov, moralnih dilem in filozofskih naukov. Mahabharata raziskuje teme dharme, karme, ljubezni, sovraštva, zvestobe, izdaje in zapletenosti človeške narave. Je velika pripoved o konfliktih in rešitvah med družinami, družbami in narodi.
Ep vsebuje tudi številne podzaplete, zgodbe in filozofske prispodobe, najbolj znana med njimi je Bhagavad Gita, ki je filozofski diskurz med Arjuno in njegovim kočijašem, Gospodom Krišno, o naravi življenja, dolžnosti in končni resničnosti .