Petrucci kitare Ernie Ball Music Man uporablja že od zgodnjih devetdesetih let prejšnjega stoletja in njegovi značilni modeli so med najbolj priljubljenimi kitarami na svetu. Njegovi značilni modeli so John Petrucci Majesty, John Petrucci BFR in John Petrucci JPX.
Ibanez
Petrucci je v osemdesetih in zgodnjih devetdesetih letih prejšnjega stoletja uporabljal tudi kitare Ibanez. Njegova najbolj znana kitara Ibanez je Ibanez RG550, ki jo je uporabil na prvih dveh albumih skupine Dream Theater.
Fender Stratocaster
Petrucci je občasno uporabil tudi kitare Fender Stratocaster, zlasti za čiste in bluesovske tone.