* Klavir: V intervjujih je omenjal igranje klavirja in je na njem celo igral v nekaterih svojih vlogah.
* Kitara: Videli so ga igrati kitaro v nekaterih njegovih televizijskih nastopih, nastopal pa je celo s skupino.
* Bobni: Svoje bobnarske sposobnosti je pokazal na nekaj nastopih.
* Ukulele: Doma ima ukulele in pokazal je zanimanje za učenje.
Čeprav Neil Patrick Harris ni profesionalni glasbenik, se zdi, da za zabavo uživa v igranju različnih instrumentov in jih je celo vključil v svoje delo.