- Glasba orkestra:
- Brandenburški koncerti (1721)
- Orkestralne suite (1720-1723)
- Violinski koncerti (1717-1723)
- Glasba s tipkovnico:
- Dobro temperirani klavir (1722, 1744)
- Goldbergove variacije (1741)
- Francoske suite (1722-1725)
- Invencije in simfonije (1723)
- Orgelska glasba:
- Tokata in fuga v d-molu (ok. 1703-1707)
- Passacaglia in fuga v c-molu (ok. 1708)
- Preludij in fuga v G-duru (ok. 1730-1735)
- Vokalna glasba:
- Pasijon po Mateju (1727)
- Janezov pasijon (1724)
- Magnificat (1723)
- Božični oratorij (1734-1735)
- Druga dela:
- Das Musikalische Opfer (Glasbena daritev) (1747)
- Umetnost fuge (okoli 1749-1750)
- kantate (več kot 200)
- maše (6)