Razgradnja organskih materialov: Glasbila in drugi predmeti, povezani z glasbo, kot so bobni, piščali in ropotulje, so pogosto narejeni iz organskih materialov, ki se sčasoma razgradijo. To otežuje iskanje in preučevanje teh artefaktov.
Kulturne spremembe in migracije: Ko se kulture razvijajo in selijo, se spreminjajo tudi njihove glasbene tradicije. Zaradi tega je težko slediti razvoju glasbe skozi čas, še posebej, če manjka pisnih zapisov.
Omejitve arheoloških dokazov: Arheološka izkopavanja lahko zagotovijo nekaj vpogledov v glasbene prakse zgodnjih kultur, kot so odkritja glasbil ali upodobitve glasbenikov v umetnosti. Vendar pa so te ugotovitve morda fragmentarne in morda ne zagotavljajo popolne slike njihovih glasbenih tradicij.
Subjektivne interpretacije: Pri razlagi arheoloških dokazov ali zgodovinskih poročil lahko raziskovalci dajejo subjektivne sodbe o pomenu in pomenu teh ugotovitev. To lahko povzroči različne interpretacije in nesoglasja med učenjaki.
Tajnost in ekskluzivnost: Nekatere glasbene prakse so bile morda tajne ali omejene na določene skupine ljudi znotraj družbe, zaradi česar jih zunanji ljudje težko izvedo.