Nekatere Slayerjeve pesmi, ki so kritične do krščanstva, vključujejo "Angel of Death", "South of Heaven" in "Raining Blood". Te pesmi vsebujejo besedila, ki so kritična do katoliške cerkve, Svetega pisma in koncepta Boga. Vendar je pomembno opozoriti, da teh pesmi ni mišljeno jemati dobesedno, ampak da so preprosto oblika umetniškega izražanja.
Slayerjevo glasbo so kritizirale nekatere verske skupine, ki menijo, da spodbuja nasilje in sovražni govor. Vendar je skupina branila svojo glasbo, češ da je zaščitena s prvim amandmajem ameriške ustave.
Na splošno je Slayer kontroverzna skupina, ki je bila kritizirana zaradi protikrščanskih tem. Vendar pa so člani skupine sami izjavili, da niso antikristjani in da njihova glasba ni namenjena jemanju resno.