Resničnost proti iluziji: Osrednja tema je narava resničnosti in ali je naše dojemanje tega natančno. Matrica predstavlja svet, v katerem so ljudje nevede ujeti v simulirano resničnost, ki jo nadzirajo stroji, in sprašuje meje med tem, kar je resnično, in s tem, kaj je simulirano.
Brezplačna volja in izbira: Film raziskuje idejo o svobodni volji in kako enostavno z njo je mogoče manipulirati. Liki se spopadajo s posledicami svojih odločitev in potencialom za osebno osvoboditev in družbene spremembe.
Človeško stanje: Matrika preučuje človeško naravo in bobe preživetja, identitete in namena. Raziskuje teme izolacije, odtujenosti in iskanja pomena v na videz nesmiselnem svetu.
Tehnologija in nadzor: Film vzbuja zaskrbljenost zaradi potencialnih nevarnosti napredne tehnologije in njene sposobnosti nadzora in manipuliranja s človeštvom. Opozarja pred potencialom, da bi stroji postali močnejši od ljudi in prevladujejo v družbi.
Narava resnice: Film izziva gledalce, naj vprašajo, kaj verjamejo, da je resnično, in upoštevajo možnost nadomestnih resničnosti. Liki so prisiljeni soočiti se s svojimi pristranskostmi in predpostavkami, na koncu pa odkrijejo pomen iskanja resnice.
Moč prepričanja: Matrica poudarja pomen posameznih prepričanj in vpliv, ki ga imajo na naše dojemanje resničnosti. Film nakazuje, da se moč prepričanja lahko uporabi za premagovanje ovir in doseganje na videz nemogočih ciljev.
Navsezadnje je Matrix film, ki gledalce vabi, da kritično razmišljajo o svetu okoli njih in dvomijo o naravi lastne resničnosti.