Številni preiskovalni dokumentarni filmi si prizadevajo izzvati ali kritizirati močne institucije, posameznike ali organizacije. Njihov namen je obveščati javnost o pogosto premalo znanih zadevah in zahtevati odgovornost nosilcev oblasti za svoja dejanja. Preiskovalni dokumentarni filmi se lahko obravnavajo kot oblika novinarstva v javnem interesu in imajo lahko pomembno vlogo pri osvetljevanju korupcije, krivic in drugih nepravilnosti.
Nekateri dobro znani primeri raziskovalnih dokumentarcev vključujejo Michaela Moora "Roger &Me" (1989), ki je obravnaval vpliv zaprtja tovarne General Motors na Flint, Michigan; Errol Morris "The Thin Blue Line" (1988), ki je pripeljal do ponovnega sojenja in oprostitve človeka, ki je bil neupravičeno obsojen umora; in Roberta Greenwalda "Walmart:Visoka cena nizke cene" (2005), ki je razkrila izkoriščevalske delovne prakse največjega trgovca na drobno na svetu.
Raziskovalne dokumentarce lahko producirajo filmski studii ali neodvisni filmski ustvarjalci, distribuirajo pa jih lahko na različne načine. Nekateri so predvajani na televizijskih kanalih; drugi so izpuščeni teatralno; spet drugi pa so na voljo na spletu. Preiskovalni dokumentarni filmi so v zadnjih letih postali vse bolj priljubljeni, saj se občinstvo vse bolj zanima za dokumentarne filme, ki ponujajo poglobljene in kritične poglede na pomembna vprašanja.