Glavne vloge:
* Doogie Howser, MD (1989-1993): Njegova prodorna vloga čudežnega najstniškega zdravnika.
* Kako sem spoznal vašo mamo (2005-2014): Igral je očarljivega in ljubkega Barneyja Stinsona.
* Niz nesrečnih dogodkov (2017–2019): Upodobil je zloveščega grofa Olafa v tej priredbi temne komedije.
* To je greh (2021): Igral je Henryja, prijatelja glavnih likov, v tej hvaljeni drami o krizi aidsa v Londonu.
* Nepovezano (2022-danes): Trenutno igra Michaela Lawsona, nedavno ločenega moškega, ki krmari po zmenkarski sceni v New Yorku.
Ponavljajoče se vloge:
* Starship Troopers (1997): Pojavil se je kot vojak po imenu Vojak Carl Jenkins.
* Simpsonovi (2000): Gostoval je kot pojoči natakar v epizodi "The Mansion Family".
* Ameriški oče! (2009-danes): Posodobljuje lik Steva Smitha.
* Teorija velikega poka (2010-2019): Imel je ponavljajočo se vlogo lika Barneyja Stinsona.
Nastopi gostov:
* The Muppets (1976-1981): Pojavil se je v več epizodah.
* Dr. Quinn, Zdravilka (1993): Gostoval kot mladi zdravnik.
* Zahodno krilo (2000-2006): Igral gostujočo vlogo v epizodi.
* Izgubljeno (2004-2010): Imel je nepozabno gostovanje kot skrivnostni lik.
* Glee (2009-2015): V več epizodah je gostoval kot smešni Bryan Ryan.
To ni izčrpen seznam, vendar zajema najpomembnejše televizijske oddaje, v katere je bil vpleten Neil Patrick Harris. Znan je po svoji vsestranskosti in komičnem času ter je še naprej prevzemal različne vloge v različnih žanrih.